Основным органом контроля в сфере закупок по Закону N 44-ФЗ является Федеральная антимонопольная служба (ФАС) России. Она проводит как плановые, так и внеплановые проверки закупочной деятельности, а также проверяет информацию о конкретных нарушениях. На региональном уровне контроль осуществляется уполномоченными органами власти субъектов РФ и местного самоуправления. Финансовые ограничения и соответствие бюджетному законодательству контролируют Казначейство России и региональные финансовые органы, а ведомственный контроль осуществляют вышестоящие органы заказчика.

Кроме того, Минфин России проводит мониторинг закупок, а Счетная палата осуществляет аудит. Также граждане и объединения юридических лиц имеют право на общественный контроль.
Контрольные органы имеют разные полномочия в зависимости от уровня заказчика. Для федеральных нужд проверки могут проводиться только ФАС. Для заказчиков субъектов РФ плановые проверки проводит уполномоченный орган, а внеплановые могут проводить как орган субъекта, так и ФАС. Для муниципальных нужд плановые проверки осуществляются муниципальным контролем или органом субъекта, если ему переданы такие полномочия.

Важно отметить, что порядок проведения проверок, включая их предмет, форму и сроки, регламентируется Правилами, утвержденными Постановлением Правительства РФ. Проверки могут затрагивать действия заказчиков за определенный период или в рамках конкретных закупок, но не результаты оценки заявок участников.
В ходе плановых проверок контрольные органы, как правило, оценивают закупочную деятельность за последние три года. Внеплановые проверки могут инициироваться по различным основаниям, включая жалобы участников закупок.

По результатам проверок, выявивших нарушения, контрольный орган может наложить штрафы, выдавать предписания об устранении нарушений и обращаться в суд для признания закупки недействительной. Информация о проведенных проверках и их результатах размещается в реестре жалоб и проверок, который ведет Федеральное казначейство.